隨著工業化、城市化、化步伐的加快，水環境問題已成為制約我市經濟社會又好又快發展的瓶頸因素。主要表現為：一是污染源排放量超過水體納污能力。目前，我市排入水體的現狀污染物量大于水體納污能力，造成地表水水質總體情況不容樂觀，主要原因是污水處理廠處理率低（僅為65.4％）和工業污染物排放量大。二是飲用水源地水質得不到緩解。夾江水源地是我市主要的水源地，目前直接排入夾江水源地的污染源自西南向東北就分布有：紅旗泵站、黑橋泵站、下圩西泵站、下圩東泵站、解放閘泵站、龍窩泵站，這些排污泵站將河西地區的仍有部分未截入污水管網的污水排入夾江。隨著江北開發的推進，浦口水源地的水環境保護工作任務也日趨艱巨。三是秦淮河缺乏統一治理。近年來秦淮河水質已經受到一定程度的污染，秦淮河上下游共同治污問題尚未統一協調。
為解決上述問題，有關專家建議：
一、控制污染物總量。以水環境功能區為單元，測算出每個水環境功能區的污染物削減量，對重點功能區，例如：南京的夾江水源地周邊區域實行嚴格的總量控制措施，對于工業源，采取治理、整改甚至關停措施，對于生活源則要限期建設污水管網，將生活污水截走，對上游流域污水要采取綜合治理措施，并從立法、執法等方面實行有效監管，將污染物控制落實到實處。
二、保障飲用水源地水質安全。充分考慮我市實際，科學合理制定水源地劃分，分別制定飲用水源地環境保護對策；嚴格實行污染物總量控制，將排污總量指標分解到所有入河排污口；設置排水通道及引水通道，新辟秦淮河入江通道，由秦淮新河引水，經運糧河，向東十里長溝或九鄉河排水，既可減輕排水水質對夾江水源地的影響，又可增加東十里長溝或九鄉河的水資源補給量。
三、實施秦淮河統一治污。秦淮河上、中、下游的開發要在污染物總量控制下進行，嚴格禁止上游重污染化工企業的生產，為中游污水處理廠尋找合適的排水通道，在中、下游合適的地點建設濕地公園有效攔截上游進入南京主城區的污染物質。